세계최대 NASA 우주선이 은하계의 블랙홀로 사라져버리는 사고 발생!! 최초 침팬지 우주요원의 손자 '햄3세'는 용감무쌍한 '루나'와 빈틈없는 사령관 '타이탄'과 사라진 우주선 찾기 프로젝트에 합류하게 되는데.. 그러던 중 말고르 행성에서 우주독재자 '자톡'이 그 행성을 장악하려는 계략을 알게된다. '햄'을 비롯한 침팬지 요원들은 말고르 행성을 구하기 위한 위험천만한 작전에 돌입하게 되는데.. 과연 이들은 사라진 우주선을 찾아 올 수 있을까?