피오나의 아버지 해롤드 왕이 위독해져 슈렉과 피오나가 왕위를 계승해야 하는 상황이 벌어지자, 슈렉은 왕위 계승 다음 서열인 피오나의 먼 친척 '아더왕자'를 찾아 동키, 장화 신은 고양이와 함께 머나먼 여정에 나선다. 한편, 슈렉이 없는 사이 프린스 챠밍은 동화 속 악당을 모아 겁나먼 왕국을 차지하려는 음모를 꾸미고, 왕국에 남아있는 피오나 등 5공주(백설공주, 신데렐라, 잠자는 숲속의 공주, 라푼첼)와 릴리안 왕비는 힘을 합쳐 프린스 챠밍에 맞서는데..