사자 알렉스, 얼룩말 마티, 기린 멜먼, 하마 글로리아 등 뉴요커 4인방과 킹 줄리안, 모리스는 용의주도한 펭귄 특공대가 제작한 '에어펭귄'을 타고 뉴욕으로 돌아가던 중 아프리카 대륙에 불시착한다. 펭귄 특공대는 곧바로 비행기 수리작업을 시작하고 뉴요커 4인방은 야생의 세계에서 가족, 친구, 연인을 만나면서 서서히 아프리카에 적응하기 시작한다. 그러나 평화롭던 아프리카에 위기가 찾아오고, 뉴요커 4인방은 아프리카를 구하기 위해 다시한번 힘을 모으는데..