기원전 사라진 제국 아틀란티스에 푹 빠져사는 언어학자, 마일로 싸치! 아틀란티스의 비밀문서 '목동일지'를 발견하게 된 그는 최첨단 탐사정 '율리시즈'와 함께 꿈에 그리던 해저탐사를 떠난다. 상상조차 못했던 온갖 위험을 헤치고 마침내 아틀란티스에 도착한 탐험대! 하지만 탐험대장 루크의 음모로 인해 아틀란티스와 마일로 싸치는 또 다시 위험에 빠지는데…